Działalność naukowa Towarzystwa prowadzona jest przez Wydziały i Komisje.
W Towarzystwie działają Wydziały:
- I Nauk Społecznych i Humanistycznych
- II Nauk Biologicznych i Medycznych
- III Nauk Matematyczno-Fizyczno-Chemicznych
- IV Nauk Technicznych
- V Nauk o Ziemi
Działalność poszczególnych Wydziałów opiera się na regulaminach zatwierdzonych przez Zarząd Towarzystwa.
Do zakresu działalności Wydziału należy w szczególności:
- realizacja statutowych zadań i celów Towarzystwa,
- wybór na okres trzech lat, w głosowaniu tajnym zwykłą większością głosów, Prezydium Wydziału w osobach przewodniczącego i jego zastępcy oraz sekretarza, a w razie potrzeby również i jego zastępcy,
- powoływanie Komitetów Redakcyjnych Wydziałów za zgodą Zarządu Towarzystwa,
- powoływanie Komisji o charakterze wydziałowym,
- występowanie z wnioskami o charakterze międzywydziałowym,
- sporządzanie planów działalności Wydziałów oraz koordynowanie i zatwierdzanie planów działalności podległych Komisji,
- składanie Zarządowi wniosków o przyjęcie nowych członków zwyczajnych Towarzystwa,
- składanie wniosków w sprawie nadawania odznaczeń i wyróżnień oraz przyznawania nagród,
- składanie do Zarządu wniosków do preliminarza budżetowego i planu wydawniczego Towarzystwa.
W miarę potrzeby mogą być powoływane przez Zarząd Towarzystwa i Prezydia Wydziałów stałe lub doraźne komisje do wykonania określonych zadań.
Przedmiotem działalności naukowej stałych Komisji mogą być między innymi wykłady, odczyty, referaty, komunikaty oraz dyskusje nad nimi, jak również inne prace naukowe i badawcze. Prezydium Komisji w osobach przewodniczącego, jego zastępcy i sekretarza wybierają na okres trzech lat członkowie danej komisji w glosowaniu tajnym. Działalność stałych Komisji opiera się na regulaminach zatwierdzonych przez Zarząd Towarzystwa.